ประวัติความเป็นมา                                                                                                          

เมื่อปี พ.ศ. 2493 ฮัจญีมูฮัมหมัดซีเกร  นาปาเลน ได้เดินทางจากรัฐมินังกาเบา เกาะสุมาตรา ประเทศอินโดนีเซีย ท่านได้ก่อตั้งปอเนาะ (โรงเรียนสอนศานาอิสลาม) ที่ตำบลฉลุง ต่อมาลูกศิษย์ได้เพิ่มจำนวนมากขึ้น จึงย้ายมาก่อตั้งที่หมูบ้าน เกาะนารอบ ตำบลควนสตอ อำเภอควนโดน จังหวัดสตูล ซึ่งเป็นที่ตั้งปัจจุบัน โรงเรียนดารุลมาอาเรฟ จึงถือเป็นปอเนาะหลังแรกของจังหวัด สตูล 

หลังจาก ฮัจญีมูฮัมหมัดซีเกร  นาปาเลน ได้เสียชีวิตลง ลูกชายของท่าน นายมะหะหมัด  นาปาเลน ก็ได้สืบทอดเจตนารมณ์ ในการจัดการเรียนการสอนศาสนาอิสลามควบคู่สามัญ มีการขยายหลักสูตร เปิดสอนตั้งแต่ระดับอนุบาล ถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 6 โรงเรียนได้พัฒนาเจริญก้าวหน้ามาตามลำดับ ภายใต้การดำเนินงาน ตามหลักคำสอนของศาสนาอิสลาม ซึ่งปัจจุบันมี ดร.อ๊ะหมาด  นาปาเลน เป็นผู้รับใบอนุญาต และผู้อำนวยการโรงเรียน

นโยบายหรือเป้าหมายของโรงเรียน 

1. โรงเรียนมุ่งพัฒนาผู้เรียนให้มีความรู้ ความสามารถ และทักษะที่จำเป็นในศตวรรษที่ ๒๑ อย่างรอบ ด้าน ทั้งด้านร่างกาย อารมณ์ สังคม สติปัญญา และผลสัมฤทธิ์ทางการเรียนให้เป็นไปตามเกณฑ์มาตรฐาน ที่โรงเรียนกำหนด 

2. โรงเรียนส่งเสริมและปลูกฝังผู้เรียนให้เป็นผู้มีคุณธรรม จริยธรรม ดำรงตนตามหลักปรัชญาของ เศรษฐกิจพอเพียง มีวินัย ซื่อสัตย์สุจริต มีจิตสาธารณะ และมีคุณลักษณะอันพึงประสงค์ตามเป้าหมายของ สถานศึกษา 

3. โรงเรียนพัฒนาระบบบริหารจัดการศึกษาให้มีคุณภาพ เป็นระบบ โปร่งใส มีประสิทธิภาพ และ ส่งเสริมการมีส่วนร่วมของทุกภาคส่วน เพื่อยกระดับคุณภาพการศึกษาอย่างต่อเนื่อง 

4. โรงเรียนสนับสนุนให้ครูจัดกระบวนการเรียนรู้เชิงรุก (Active Learning) ที่เน้นผู้เรียนเป็นสำคัญ ส่งเสริมการคิดวิเคราะห์  การลงมือปฏิบัติจริง และการสร้างองค์ความรู้ด้วยตนเอง เพื่อพัฒนาศักยภาพของ ผู้เรียนอย่างเต็มตามศักยภาพ 

5. โรงเรียนมุ่งส่งเสริมให้ผู้เรียนสามารถปฏิบัติตนและดำเนินชีวิตตามหลักวิถีอิสลามได้อย่างถูกต้อง เหมาะสม สอดคล้องกับบริบทของท้องถิ่น และสามารถอยู่ร่วมกับผู้อื่นในสังคมได้อย่างสันติสุขและมีความสุข